La rectoría es la máxima autoridad ejecutiva del centro universitario; promover todo lo que tienda a su mejoramiento técnico, académico y patrimonial son algunas de las funciones que le confiere la normatividad. Para realizar sus tareas se apoya en dos secretarías: la académica y la administrativa.
El Rector, representante del centro universitario, es designado por el Rector General y dura en su cargo tres años, pudiendo ser reelecto en una ocasión.
En 1994, la Universidad de Guadalajara adoptó el modelo administrativo y académico de Red Universitaria. En mayo de ese mismo año, se fundó el Centro Universitario de Ciencias Exactas e Ingenierías; desde entonces, sus rectores han sido los siguientes:
| Periodos | |
|---|---|
| Dr. Marco Antonio Pérez Cisneros | 2022 a la fecha |
| Dra. Ruth Padilla Muñoz | 2016-2022 |
| Dr. Cesar Octavio Monzón | 2013-2016 |
| Dr. Cesar Octavio Monzón | 2010-2013 |
| Dr. Víctor González Álvarez | 2007-2010 |
| Dr. Víctor González Álvarez | 2004-2007 |
| Dr. Hector Salgado Rodríguez | 2001-2004 |
| Dr. Hector Salgado Rodríguez | 1998-2001 |
| Mtro. Antonio Oropeza Chávez | 1994 -1998 |
Anualmente los rectores presentan un informe de actividades, el cual ha servido también para conocer y evaluar el avance del centro universitario tanto en sus actividades académicas como administrativas.