Como parte del proceso de reforma universitaria de 1994, el CUCEI asumió un modelo organizacional sustentado en los “departamentos”, definidos como la célula básica desde la cual se desarrolla la docencia, la investigación y la vinculación. El modelo se estableció como una alternativa a la antigua organización de escuelas y facultades, que había mostrado síntomas de agotamiento y, en particular, problemas importantes para el desarrollo de la investigación.
En el caso del CUCEI, con la puesta en marcha del nuevo modelo, se sustituyó a cuatro facultades: de Ingeniería, de Ciencias Químicas, de Informática y Computación, y la de Ciencias Físico Matemáticas. Además se incluyó en la transformación otras dependencias como son el Instituto de Astronomía y Meteorología, el Centro de Ciencias de la Tierra, la Dirección de Vinculación y Transferencia de Tecnología y secciones de oficinas de la administración general. Así se constituyeron 14 departamentos y tres divisiones.
Además de que el modelo departamental significó una alternativa al modelo napoleónico, implicó una redefinición y modificación de las tareas del personal académico y el fortalecimiento de la investigación en la vida institucional, debido a que desde el departamento se coordina y dirige la docencia, se realiza y promueve la investigación, se ejecutan acciones de extensión y de vinculación.
Para ello, el personal académico de las facultades quedo adscrito a los departamentos; por lo que los profesores de tiempo completo se adscriben a un solo departamento y no a programas educativos.
Parte medular del modelo organizacional es que la docencia que ofrecen los departamentos se relaciona con los programas educativos, ya sea de licenciatura o de posgrado, a través de una estructura matricial. De tal forma que un curso ofertado por un departamento puede recibir alumnos de una o de varias carreras o posgrado. El curso coordinado y supervisado por el departamento, es impartido entonces por un profesor o profesores, de ese departamento.
Un argumento esencial para este modelo de organización es que las carreras y sus planes de estudio podrían crearse sin necesidad de nuevas estructuras o nuevas facultades y que se favorece el trabajo interdisciplinario.
Cabe señalar que para fortalecer el modelo departamental, poco después de haber sido implantado mediante la reforma a la Ley Orgánica de la Universidad de Guadalajara , en 1996 se realizó una reforma curricular que incluyó un modelo curricular semiflexible y el sistema de créditos. Dicha reforma curricular alcanzó todos los planes de estudio del CUCEI, por lo que se reestructuraron para incorporar flexibilidad a través de créditos asociados a cada asignatura, dependiendo de la carga horaria de la misma y el tipo de unidad de aprendizaje. A partir de entonces los estudiantes pudieron seleccionar los cursos de su interés y avanzar a su propio ritmo de aprendizaje, para efecto de cumplir los perfiles de egreso de su respectiva carrera.
Por otro lado, los departamentos tienen a su cargo las academias que son agrupaciones de profesores dedicadas a atender problemas relacionados con el aprendizaje de asignaturas comunes o relacionadas mediante por algún objeto de estudio. También son responsables de los laboratorios y de programas de apoyo académico relacionados con su objeto de trabajo. Estas tareas se realizan por el personal académico, como parte de sus actividades extra clase.
Los departamentos se agrupan para formar una División, la cual los dirige como estructura de gobierno. Las Divisiones son las responsables de los programas educativos, sin embargo, un programa educativo recibe servicios de otros departamentos pertenecientes a otras divisiones.
Por su parte cada carrera o posgrado tiene un coordinador de programa educativo, cuya función principal es precisamente coordinar, atender, orientar en forma directa las necesidades de los estudiantes. El coordinador de programa educativo realiza entonces una muy importante función de gestión.
Los coordinadores de posgrado se apoyan en la Junta Académica de cada posgrado, mientras que los coordinadores de carrera, al tener una mayor cantidad de alumnos que atender, se apoyan en diversos comités en los que participan profesores, como son: Comité de Titulación, Comité de Tutorías, Comité Curricular, Comité de Vinculación.
Para el funcionamiento del CUCEI, resulta clave la coordinación de esfuerzos, y un sentido de transversalidad para la racionalización y optimización de los recursos, para lo cual se prevé la Junta Divisional como órgano consultivo de planeación y coordinación del centro universitario. Lo anterior además de los órganos de gobierno en los que participan académicos, estudiantes, funcionarios y una representación de las organizaciones mayoritarias.
En la arquitectura de la organización, dependientes directamente de la rectoría, existe la Secretaria Académica y la Secretaría Administrativa que resultan centrales para el funcionamiento del centro universitario, pues desde ambas se ofrecen todos los servicios de apoyo para la vida escolar.
En la figura del Rector recae la responsabilidad de ejercer la máxima autoridad unipersonal del centro universitario quien a su vez depende del Consejo de Centro.