Los objetivos del Doctorado en Ciencias en Química son:
a. Formar recursos humanos de alto nivel capaces de generar conocimientos científicos y tecnológicos que contribuyan al desarrollo sustentable de la región de occidente y del país;
b. Formar recursos humanos de alto nivel capaces de aplicar el conocimiento en forma original e innovadora en las áreas de la química siguientes: a) fisicoquímica, b) química de polímeros, c) química inorgánica y ambiental, d) bioquímica y productos naturales;
c. Colaborar en el desarrollo regional mediante la vinculación con el sector productivo y social, fomentando la participación de estudiantes y profesores en proyectos de investigación con financiamiento externo;
d. Fortalecer las actividades de investigación y la productividad científica de los profesores adscritos al posgrado, incentivando su permanencia en el Sistema Nacional de Investigadores y su incremento de nivel en el mismo.