Las Líneas de Generación y Aplicación del Conocimiento del Doctorado en Ciencias en Química son avaladas por la Junta Académica del programa. La justificación para la existencia de estas líneas se sustenta en el expertis de los profesores del NAB y en la infraestructura disponible en los 14 laboratorios disponibles para el programa. En cada una de las 4 Líneas participan al menos 4 profesores del NAB. Estas líneas son:
c) Química Inorgánica y Ambiental
d) Bioquímica y Productos Naturales
Los temas de investigación que se desarrollan en estas Líneas, y que se proponen a los estudiantes, son viables técnicamente y se pueden realizar con la infraestructura existente. Si para una tesis particular es necesario usar algún equipo no disponible en el CUCEI, los profesores del NAB, a través de las vinculaciones ya existentes, buscan un apoyo externo para realizar las pruebas experimentales necesarias.