Las principales áreas de enfoque de cada una de las líneas de investigación son las siguientes:
1. Biotecnología Microbiana
En esta línea se abordan la explotación y aplicación de microorganismos tanto silvestres como manipulados genéticamente en la industria; se realizan estudios de Ingeniería Metabólica y
Bioinformática en diferentes sistemas biológicos, para la elucidación del comportamiento del microorganismo en diferentes procesos biotecnológicos; se realiza investigación sobre superficies asistidas por plasma no isotérmico para la inmovilización de biomoléculas.
2. Biotecnología Alimentaria
Innovación para la producción de alimentos procesados mediante el uso de técnicas biotecnológicas, utilizando microorganismos, enzimas y moléculas bioactivas, que contribuyan al desarrollo y generación de alimentos funcionales, libres de conservadores químicos, con cualidades nutritivas y características organolépticas aceptables, haciendo énfasis en el control y seguridad sanitaria de los alimentos.
3. Biotecnología Ambiental
Línea de investigación donde se aplican diferentes microorganismos y sus productos, para la solución a problemas medioambientales de residuos de cualquier naturaleza (sólidos, líquidos y gases). Dentro de esta línea se desarrolla el control y monitoreo de dichos bioprocesos; además la identificación y medición de la biodiversidad de la microbiota interna de diferentes vertebrados para monitorear la polinización en cultivos de áreas rurales y urbanas.
4. Biotecnología Biomédica
En esta línea se explora el desarrollo de procesos biotecnológicos con moléculas endobióticas y xenobióticas, así como la exploración de marcadores moleculares para la detección, diagnóstico, pronóstico y tratamiento de distintas condiciones fisiopatológicas. Además, se realiza investigación con diferentes biomateriales antimicrobianos, como hidrogeles, para la inmovilización y liberación controlada de medicamentos.